【2026年最新】ECサイトの受注管理システムおすすめ5選を徹底比較
自社EC
ECサイトの多チャネル展開で受注処理の工数が増え、人為的なミスや配送遅延に頭を抱えてはいませんか？
この記事は、これまでの支援実績が1,000社以上、広告運用実績年間10億円以上の弊社（Proteinum）がECサイトの受注管理システムについて解説します。
【この記事の対象者】
- 多チャネル展開（モール・自社サイト）による受注処理の工数増大に悩むEC事業者
- 受注管理システムの導入を検討しているが、選定基準がわからず困っている担当者
- 既存システムからのリプレイスを検討しており、最新のトレンドを知りたい方
【この記事を読んでわかること】
- 自社に最適な受注管理システムの選び方と5つの比較ポイント
- 主要な受注管理システムの特徴・料金・強みの比較
- システム導入によって得られる具体的な業務効率化のメリット
- 導入後に失敗しないための注意点と運用のコツ
Contents
ECサイトの受注管理システムとは？
ECサイトにおける受注管理システムとは、複数の販売チャネルから入る注文を一元化し、発送までのフローを効率化するツールを指します。
受注管理システムは、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピング、自社ECサイト（Shopify等）など、散らばっている受注データを取り込み、ステータスを一括管理するものです。メール送信、サンクスメールの自動化、送り状発行ソフトとの連携など、出荷に関わる一連の定型業務を最小限の工数で完結させる役割を担います。
受注管理システムをECサイトに導入するメリットとは？
ECサイトへ受注管理システムを導入することで、単なる事務作業の軽減にとどまらず、売上拡大に直結する戦略的なメリットを享受できます。
- 受注業務の自動化による工数削減
- 人的ミスの防止
- 在庫情報のリアルタイム同期
- 複数ショップの一元管理による売上拡大
受注業務の自動化による工数削減
最大のメリットは、ルーチンワークの徹底的な自動化です。これまで手作業で行っていた注文確認メールの送信、納品書の発行、送り状データの作成などが数クリック、あるいは完全自動で完結します。
人的ミスの防止
手動でのデータ入力やコピペ作業がなくなるため、住所入力ミスや商品間違いといった人的ミスを減らせます。正確かつスピーディーな配送は顧客からの信頼に直結し、レビュー評価の向上やリピート率の改善につながります。
在庫情報のリアルタイム同期
複数店舗を運営している場合、特定の店舗で商品が売れた際に他店舗の在庫数を自動で更新する機能が必要です。「売り越し」によるキャンセル対応は店舗評価を下げる大きな要因となりますが、システム導入により24時間365日、正確な在庫管理が可能になります。
複数ショップの一元管理によりリソース不足を防ぐ
受注管理が効率化されることで、同一のリソースで出店数を増やすことが可能になります。管理画面を行き来する手間がなくなるため、楽天市場、Amazon、Shopifyといった複数のプラットフォームへの同時展開が容易になり、機会損失を最小限に抑えつつ売上の最大化を図れます。
おすすめのECサイト受注管理システムを比較するポイントとは？
数ある受注管理システムの中から、自社に最適なものを選ぶためには、機能の網羅性だけでなく「現場の運用」に即しているかが鍵となります。
- モールやカートとの連携実績を確認
- 自社の物流拠点や委託先との連携可否
- 業務フローに合わせたカスタマイズ性
- 導入費用と月額料金のコストパフォーマンス
- サポート体制の充実度
モールやカートとの連携実績を確認
まず確認すべきは、自社が現在出店している、あるいは将来的に出店を予定しているモール・カートに対応しているかです。API連携に対応していれば在庫同期のスピードが速く、CSV連携のみの場合は手動作業が発生する可能性があるため注意が必要です。
自社の物流拠点や委託先との連携可否
自社発送なのか、外部の3PL（物流代行）を利用しているのかによって、選ぶべきシステムは異なります。OMSとWMSが一体化したシステムは、物流代行との親和性が非常に高く、出荷指示の自動化に強みがあります。
業務フローに合わせたカスタマイズ性
EC事業が成長するにつれ、セット商品の販売、予約販売、ギフト対応など、特有の業務フローが発生します。これらの例外処理をどこまで標準機能でカバーできるか、あるいはオプションで柔軟にカスタマイズできるかが、長期利用のポイントです。
導入費用と月額料金のコストパフォーマンス
料金体系は「月額固定型」と「受注件数に応じた従量課金型」に大別されます。月間の受注件数が少ないうちは固定費の安いシステムが有利ですが、大規模成長を見込む場合は、1件あたりのコストが下がるプランがあるかを確認しましょう。
サポート体制の充実度
システム導入初期や、モールの仕様変更時には必ず不明点が発生します。電話サポートの有無、チャットのレスポンス速度、専任担当者のサポートなど、自社のITリテラシーに応じたサポート体制を備えているかを確認してください。
ECサイトの受注管理システムのおすすめ5選
2026年の市場シェアと、多くのEC事業者が導入して効果を上げている主要な10システムを比較します。
- ネクストエンジン
- CROSS MALL
- 助ネコ
- LOGILESS
- GoQSystem
以下に比較表を提示します。
システム名 主な特徴 料金体系 連携数 ネクストエンジン シェアNo.1。アプリで機能を拡張可能 1万円〜+従量課金 業界最多水準 CROSS MALL 多チャネル展開に強い。サポートが手厚い 月額固定プランあり 豊富 助ネコ UIが直感的。初心者でも使いやすい 固定+一部従量 主要モール網羅 LOGILESS OMSとWMSが一体。自動出荷に特化 固定+従量 増加中 GoQSystem 必要な機能が標準搭載。コスパが高い 固定料金メイン 主要モール ネクストエンジン
NE株式会社が提供する、国内最大級のシェアを誇るシステムです。対応モール・カートは業界最多の50以上となっており、安心して活用できる受注管理システムです。
提供会社名 NE株式会社 特徴 対応モール・カートは業界最多の50以上となっており、安心して活用できる受注管理システム 利用料金 初期費用0円、月額3,000円～+受注件数に応じた従量課金制 CROSS MALL
株式会社アイルが提供するCROSS MALLは商品登録・在庫管理・受注管理・発注・仕入れといった、ネットショップを運営するのに必要な業務をすべて一元管理できるASPソフトです。
複数のネットショップの運営に必要な業務を効率化して、より最適な店舗運営を可能にします。
提供会社名 株式会社アイル 特徴 対応モール・カートは45個となっており、商品登録・在庫管理・受注管理・発注・仕入れといった、ネットショップを運営するのに必要な業務をすべて一元管理できるASPソフトです 利用料金 初期費用0円、月額10,000円～（受注件数レンジに応じたプラン設定） 助ネコ
株式会社アクアリーフが提供する、導線がわかりやすく直感的に利用できるシステムです。必要に応じてシステムの機能を適宜追加していくことができます。
提供会社名 株式会社アクアリーフ 特徴 導線がわかりやすく直感的に利用できるシステムです。必要に応じてシステムの機能を適宜追加していくことができます。 利用料金 初期費用0円、月額10,500円～（機能別にシステム追加が可能） LOGILESS
株式会社ロジレスが提供する、OMSとWMSの一体型システムです。「受注が来たら自動で出荷指示を出す」完全自動化を目指す事業者にとってベストのツールとなります。LOGILESS利用しているEC事業者さまは全注文の90％以上の自動出荷が実現でき、 毎日の出荷オペレーションでほぼ何もしなくていい状態を実現可能です。
提供会社名 株式会社ロジレス 特徴 OMSとWMSの一体型システムです。「受注が来たら自動で出荷指示を出す」完全自動化を目指す事業者にとってベストのツールです。 利用料金 初期費用0円、月額20,000円～＋出荷件数に応じた従量課金 GoQSystem
株式会社GoQSystemが提供する、実際に自社で通販店舗を運営して「あったらいいな♪」と感じた機能を盛り込んだ通販業務の一元管理システムです。受注業務、商品登録、在庫連携、出荷業務、売上・収支管理などの通販業務を格段に効率化可能です。浮いた時間を販促や分析にあてられるので、売上アップを図ることができます。全サービス累計59,200社となっています。
提供会社名 株式会社GoQSystem 特徴 実際に自社で通販店舗を運営して「あったらいいな♪」と感じた機能を盛り込んだ通販業務の一元管理システムです。全サービス累計59,200社となっています。 利用料金 ・フリープラン：月額0円
・受注管理プラン：月額15,000円（初期費用30,000円）
・受注・在庫連携管理プラン：月額29,800円（初期費用40,000円）
・受注・商品・在庫連携管理プラン：月額44,800円（初期費用50,000円）
・エンタープライズプラン：月額200,000円～ECサイトへ受注管理システムを導入する手順とは？
受注管理システムの導入を成功させるには、現状の課題を正しく把握し、段階的なプロセスを踏むことが重要です。
- 現状の業務フローの可視化
- 必要な機能の洗い出しと選定基準の策定
- 無料トライアルによる操作性の確認
- データ移行と初期設定の実施
- テスト運用と本番稼働
現状の業務フローの可視化
まずは、現在の受注から発送までの流れをフローチャート化します。どの工程に最も時間がかかっているのか、どこでミスが起きやすいのかを明確にすることで、システム化すべき優先順位が見えてきます。
必要な機能の洗い出しと選定基準の策定
可視化したフローに基づき、自社に必須の機能をリストアップします。例えば、「ギフト対応のメッセージカード印字が必要」「特定の運送会社とのAPI連携が必須」など、現場独自の要件を漏れなく抽出することが、導入後のミスマッチを防ぐ鍵です。
無料トライアルによる操作性の確認
多くのシステムでは、14日間〜30日間程度の無料トライアル期間が設けられています。管理画面の使いやすさや、既存のCSVデータがスムーズに取り込めるかなど、実務担当者が実際に操作して検証することが極めて重要です。
データ移行と初期設定の実施
導入するシステムが決定したら、商品データや顧客データの移行を行います。各モール・カートとのAPI連携設定や、メールテンプレートの作成、ステータスの定義など、マニュアルに沿って一つひとつ正確に設定を進めます。
テスト運用と本番稼働
一気に全店舗を切り替えるのではなく、まずは一つの店舗からテスト運用を開始することをおすすめします。数日間の運用で問題がないことを確認した後、他店舗へ水平展開することで、予期せぬトラブルによる出荷停止リスクを回避できます。
ECサイトの受注管理システムに関するよくある質問
Q1：小規模なECサイトでも導入すべきですか？
A1：受注件数が月間100件を超え、多チャネル展開を検討している段階での導入を強く推奨します。 受注数が少ないうちは手動でも対応可能ですが、件数が増えてからシステムを導入すると、データの移行や業務フローの変更コストが大きくなります。将来的な成長を見越し、早い段階で基盤を整えておくことが、結果的に運営コストの最適化につながります。
Q2：導入までにどのくらいの期間がかかりますか？
A2：標準的なクラウド型システムであれば、申し込みから本番稼働まで最短2週間〜1ヶ月程度が一般的です。 ただし、基幹システムとの連携や特殊なカスタマイズが必要な場合は、3ヶ月から半年以上の期間を要することもあります。年末商戦などの繁忙期を避け、余裕を持ったスケジュールを組むことが重要です。
Q3：自社独自の基幹システムとも連携できますか？
A3：API公開されているシステムや、CSV入出力のカスタマイズが可能なシステムであれば連携可能です。 ただし、連携開発には別途費用が発生することが多いため、導入前に開発ベンダーやシステム提供会社へ仕様確認を行う必要があります。
ECサイトの受注管理システムについてのまとめ
いかがでしたでしょうか。ここまでECサイトの受注管理システムについて解説してきました。
- システム選定の重要性
- 自社の出店チャネルや物流環境に最適なシステムを選ぶことが、運用効率を最大化する。
- モール・カートとの連携精度やサポート体制、コストパフォーマンスを総合的に判断する。
- 導入によるメリット
- 自動化による劇的な工数削減と、ヒューマンエラーの撲滅による顧客満足度の向上。
- 在庫同期の自動化により「売り越し」を防ぎ、多店舗展開による売上最大化を実現する。
- 失敗しないための導入プロセス
- 現状の業務フローを可視化した上で、現場の担当者がトライアルで操作性を確認する。
- テスト運用を経て段階的に移行することで、出荷トラブルのリスクを最小限に抑える。
受注管理システムの導入は、EC事業をスケールさせるための「投資」です。自社に最適なツールを活用し、より付加価値の高いマーケティングや商品開発にリソースを集中できる体制を構築しましょう。
【ECサイトの生成AI活用ガイド】売上向上と業務効率化を実現する最新事例と導入手順 
ECサイト運営を辞めたい、、、辛い理由と解決策をご紹介！ 
【ECサイト運営】チームで行うタスク管理の効率化と売上を最大化させる具体的な手法 
【EC売上の伸び悩み原因とは？】売上低迷を分析し改善する具体的な解決策 